Lara Croft est une aventurière célèbre. Elle a parcouru le monde entier à la recherche d'artefacts légendaires et de reliques disparues. Aujourd'hui, sa renommée n'est plus à faire et elle à l'habitude de travailler pour le compte de grandes entreprises et de personnages importants.
Notre aventure commence dans Le Grand Hôtel, à Calcutta, ou Lara semble se reposer de ses précédentes expéditions. Mais déjà , un homme la recherche. Il travaille pour le compte de Jacqueline Natla , une puissante femme d'affaires à la tête de la société qui porte son nom : Natla Technologies. J.Natla explique à Lara qu'elle est à la recherche d'un "artefact au pouvoir mystérieux", le Scion. Ce dernier est enfouit sous la Tombe de Qualopec, quelques part dans les montagnes péruviennes, au milieu de cités mayas...
Dés le lendemain, Lara se met en route vers les Andes, Au Pérou, accompagnée d'un Guide. Mais à peine arrivée sur les pics enneigés, le premier malheur arrive : le guide de Lara est attaqué par une horde de loups affamés. Lara n'a que le temps de se défendre. Elle se retrouve seule, perdue dans les vallées enneigées du Pérou avec pour seule compagnie, le cadavre de son guide dont le sang s'écoule lentement sur la neige blanche...
Lara parcourt rapidement les sommets enneigés afin d'achever le plus vite possible la mission qui à coûté la vie à son guide. Elle traverse la cité de Vilcabamba, puis une vallée mystérieuse ou le temps semble avoir été arrêté.
Au milieu d'une végétation luxuriante, un groupe de tyrannosaures semble avoir survécu. Lara aura fort à faire pour s'en débarrasser et atteindre la tombe de Qualopec qui se situe de l'autre coté de la vallée.
Après avoir déjoué les pièges qui ornent la Tombe et traversé un labyrinthe, Lara pourra s'emparer du Scion. Elle revient sur ses pas, vers la vallée perdue, lorsqu'elle aperçoit Larson, l'homme de main de Natla Technologie qui avait assuré la liaison entre J.Natla et Lara à Calcutta.
Mais, déjà le traître sort ses armes et les pointe sur le jeune femme. A peine revenue de sa surprise, Lara sort ses guns, et étant plus agile et plus expérimenté que son agresseur, elle parvient rapidement à le maîtriser.
Sous le joug de son arme, Larson avoue que la relique qu'elle vient de dérober n'est pas à proprement parler le scion, mais seulement une partie de l'Artefact mystérieux. Il avoue également que Jacqueline Natla à mis un certain Pierre Dupont sur l'affaire, et que ce dernier est déjà à la recherche du second morceau....
Etonnée et furieuse, Lara quitte le Pérou pour se rendre dans les bureaux de Natla Technologies. Elle y découvre avec stupeur le journal de Qualopec, l'homme dont elle viens de violer la tombe. Qualopec semble être un homme sage, calme, posé. Il décrit le Scion comme un objet aux pouvoirs démesurés, Plus grand encore que ceux du "créateur". Il évoque également la grande peur que lui inspire ce pouvoir. Mais pourquoi J.Natla voudrait-elle l'obtenir ? Les pouvoirs du scion sont incontrôlables. Plus que jamais déterminée, Lara se rend en Grèce ou Pierre Dupont enquête pour trouver la seconde partie de l'Artefact.
Lara visite de nombreux temple Grecs, puis après s'être perdue dans les dédales du monument St Francis et du palais de Midas, elle atteint enfin La Tombe de Tihocan, qui recèle en plus du corps de son propriétaire, un fragment du Scion. Après s'être débarrassée de Pierre Dupont, Lara s'empare du fragment et l'assemble avec le premier qu'elle avait trouvée dans le tombe du souverain Qualopec.
C'est alors que soudain, elle a une vision. Une dispute. Une guerre. Une relique mystérieuse divisée en trois. Une jeune femme enfermée dans une prison de verre.
Lara n'est pas encore prête à comprendre cette histoire. Une chose cependant s'impose a ses yeux : le Scion est un artefact millénaire et son pouvoir est sans limite. Peut-être a t-il appartenu autrefois à Qualopec ou Tihocan qui étaient des souverains de civilisations disparues et aujourd'hui oubliées.
Au cours de sa vision, Lara a reconnue le lieu ou se dissimulait le troisième et dernier fragment. C'est le sphinx.
Mais, déjà le traître sort ses armes et les pointe sur la jeune femme. A peine revenue de sa surprise, Lara sort ses guns, et étant plus agile et plus expérimenté que son agresseur, elle parvient rapidement à le maîtriser.
Sous le joug de son arme, Larson avoue que la relique qu'elle vient de dérober n'est pas à proprement parler le scion, mais seulement une partie de l'Artefact mystérieux. Il avoue également que Jacqueline Natla à mis un certain Pierre Dupont sur l'affaire, et que ce dernier est déjà à la recherche du second morceau....
Etonnée et furieuse, Lara quitte le Pérou pour se rendre dans les bureaux de Natla Technologies. Elle y découvre avec stupeur le journal de Qualopec, l'homme dont elle viens de violer la tombe. Qualopec semble être un homme sage, calme, posé. Il décris le Scion comme un objet aux pouvoirs démesurés, plus grands encore que ceux du créateur.
Il évoque également la grande peur que lui inspire ce pouvoir. Mais pourquoi J.Natla voudrait-elle l'obtenir ? Les pouvoirs du scion sont incontrôlables. Plus que jamais déterminée, Lara se rend en Grèce ou Pierre Dupont enquête pour trouver la seconde partie de l'Artefact.
Lara s'est envolée vers la cité de Khamoon, prés du Caire, en Egypte. Le chemin est long jusqu'au sanctuaire du scion et la route semée d'embûche. Lara devra affronter des momies qui gardent jalousement le secret de leurs tombes. Mais Lara a plus d'un tour dans son sac et elle parvient à gagner le Sphinx et s'empare du dernier fragment. Elle détient désormais dans ses mains le Scion légendaire. Epuisée, à bout de force, mais heureuse d'avoir achevée son aventure - du moins le croit-elle - elle sort de la grotte pour revenir à l'air libre.
Une mauvaise surprise l'attend.
Avec les événements des derniers jours, Lara semblait avoir oublié Natla et son rêve mégalomaniaque. Elle, pourtant, ne l'a pas oublié. A peine Lara a t-elle mis le nez dehors que les sbires de cette folle s'attaquent à elles. Il lui dérobent ses armes, et bien entendu le Scion. Lara parvient à s'enfuir en sautant depuis la falaise vers le canyon.
Persuadée qu'aucun être humain ne pourrait survivre à une pareille chute, Natla et ses hommes prennent le chemin du retour le sourire aux lèvres. mais Lara est une fille têtue. Non seulement elle n'est pas blessée, mais s'emparant de sa moto, elle poursuit ses agresseurs. Lorsqu'elle arrive prés de leur bateau, ce dernier est déjà en mouvement et s'éloigne du rivage. Lara n'a que le temps de le rattraper à la nage. Epuisée, elle s'endort dans la cale. Quand elle se réveille, elle est en... Atlantide !
L'Atlantide est un continent de légende. Situé à l'ouest du Detroit de Gibraltar, il aurait sombré il y a des milliers d'années. Pourtant, c'est devant cette terre que Lara se tient, seule, désarmée sans même un bâton pour se défendre.
Lara plonge et atteint le sous-sol de l'Atlantide.
Lara traverse les Mines de Natla en récupérant au passage quelques unes de ces armes et suffisamment de munitions pour se montrer dissuasive face à d'éventuels agresseurs. Au sommet d'une immense tour, elle retrouve le Scion. Elle s'en approche. Soudain, elle a une nouvelle vision. Elle sait désormais qui est Natla.
Depuis le début de cette aventure, Lara était persuadée que son employeur n'était qu'une pauvre folle désaxée. Elle avait tort. Jacqueline Natla était, tout comme Tihocan et Qualopec souveraine de l'Atlantide... il y des milliers d'années. Assoiffée de gloire et de puissance, elle s'empara du Scion pour lever une armée indestructible qui dominerait le monde. Son but étant de créer une race supérieure. Mais Qualopec et Tihocan ne l'entendaient pas de cette oreille. Ils enfermèrent Natla dans une prison de verre - un caisson cryogénique, en fait - où elle reposait encore il y a quelques années.
Mais Natla avait réussit à s'échapper de sa prison. En quelques années, elle mit sur pied un véritable empire : Natla Technologies. Son rêve de race supérieure n'était pas oublié pour autant, c'est pourquoi elle s'était mise en tête de reconstituer le Scion.
Lara n'eut pas le temps de se remettre de ses émotions. Déjà , la souveraine atlante apparaissait dans la pièce. "Il est trop tard pour un avortement" dit-elle le sourire aux lèvres, en désignant le monstre qui venait d'apparaître, monstre produit du Scion et Symbole d'une race supérieure.
Après avoir éliminé le monstre, Lara parvient à détruire le Scion. Elle affronte Natla dans un combat sanguinaire, mais parvient à la tuer. Elle emprunte un scooter des mers et s'enfuit du continent disparu de l'Atlantide.
Son engin, lancé à vive allure déchirait la mer et Lara laissait une écume derrière elle. Plus que ça, elle laissait derrière elle son ennemie, sa race supérieure et l'artefact mystérieux qui en était doublement responsable. Responsable du mal dont le pouvoir causait, mais aussi responsable de la cupidité et de la soif de puissance que nourrissait Natla.
L'atlantide explosa quelques secondes après, mettant un point final à l'histoire de la cité engloutie.